БИОИНФОРМАТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ГЕНЕТИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ, ХАРАКТЕРИЗУЮЩЕГО ВИДЫ И ПОПУЛЯЦИИ КАРАНТИННЫХ СОРНЫХ РАСТЕНИЙ ПОВИЛИК CUSCUTA CAMPESTRISYUNCK.ИCUSCUTA MONOGYNA VAHL

Динасилов А.С., Гриценко Д.А., Хамдиева О.Х., Жунисбай Р.Т., Жанарбекова А.Б.

Динасилов Алмат Саламатович - кандидат сельскохозяйственных наук;

Гриценко Диляра Александровна - PhD-докторант;

Хамдиева Озада Хакимовна - PhD-докторант;

Жунисбай Рысалды Толендыкызы - старший научный сотрудник;

Жанарбекова Алма Бекболатовна - кандидат сельскохозяйственных наук,

Испытательный центр фитосанитарного лабораторного анализа,

Казахский научно-исследовательский институт защиты и карантина растений,

г. Алматы, Республика Казахстан

Аннотация: в статье приводится биоинформационный анализ генетического разнообразия повиликCuscuta campestris и Cuscuta monogyna, изучалось использование rbcL, ITS, RPS2, trnL-trnF маркеров для баркодирования.Результаты филогенетического анализа показали низкую разрешающую способность маркеров rbcL и ITS для Cuscuta campestris. Наибольшей разрешающей способностью обладает маркер RPS2 для Cuscuta campestris. Для Cuscuta monogyna наибольшей разрешающей способностью обладает маркер trnL-trnF. Кроме того, был выполнен филогенетический анализ при сочетании трех маркеров rbcL, ITS, RPS2 для Cuscuta campestrisи при сочетании двух маркеров rbcL и trnL-trnF для Cuscuta monogyna.  

Ключевые слова: биоинформационный анализ, повилики, маркеры rbcL, ITS, RPS2, trnL-trnF.

Список литературы

1.     Braukmann T., Kuzmina M, Stefanović S. Plastid genome evolution across the genus Cuscuta (Convolvulaceae): two clades within subgenus Grammica exhibit extensive gene loss. J Exp Bot., 2013 Feb. 64 (4): 977–989.

2.     García M.A, Costea M, Kuzmina M, Stefanović S. Phylogeny, character evolution, and biogeography of Cuscuta (dodders; Convolvulaceae) inferred from coding plastid and nuclear sequences.Am J Bot., 2014. Apr. 101 (4):670-90.

3.     Dong W., Liu J., Yu J., Wang L., Zhou Sh. Highly Variable Chloroplast Markers for Evaluating Plant Phylogeny at Low Taxonomic Levels and for DNA Barcoding. PLoS One, 2012. 7 (4): e35071.

4.     Hollingsworth P., Graham S, Little D.Choosing and Using a Plant DNA Barcode. PLoS One, 2011. 6(5): e19254.

5.     Rogalski M., Vieira L., Fraga H., Guerra M. Plastid genomics in horticultural species: importance and applications for plant population genetics, evolution, and biotechnology. FrontPlantSci., 2015. 6: 586.

6.     Лукашев В.В. Молекулярная эволюция и филогенетический анализ. М.: Бином. Лаборатория знаний, 2009. 256 с.

Ссылка для цитирования данной статьи

		Тип лицензии на данную статью – CC BY 4.0. Это значит, что Вы можете свободно цитировать данную статью на любом носителе и в любом формате при указании авторства.
Динасилов А.С., Гриценко Д.А., Хамдиева О.Х., Жунисбай Р.Т., Жанарбекова А.Б. БИОИНФОРМАТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ГЕНЕТИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ, ХАРАКТЕРИЗУЮЩЕГО ВИДЫ И ПОПУЛЯЦИИ КАРАНТИННЫХ СОРНЫХ РАСТЕНИЙ ПОВИЛИК CUSCUTA CAMPESTRISYUNCK.ИCUSCUTA MONOGYNA VAHL // Проблемы науки №9 (22), 2017 - С. {см. журнал}